Первый Патриарх Московский и всея Руси Иов (1589-1605) главной целью своей деятельности считал укрепление в России Православия. По инициативе Патриарха были проведены ряд преобразований в Русской Церкви: учреждены новые епархии, основаны десятки монастырей, начато печатание богослужебных книг. В 1605 году отказался присягать Лжедмитрию и был низложен бунтовщиками.
Патриаршество священномученика Гермогена (1606-1612) совпало с трудным периодом в русской истории – Смутным временем. Он открыто выступал против иноземных захватчиков, против возведения на русский престол польского королевича. Во время голода, начавшегося в Москве, Патриарх приказал открыть для голодающих монастырские житницы. При осаде Москвы войсками Минина и Пожарского святитель Гермоген был низложен поляками и заключен в Чудовом монастыре под стражу, где умер от голода и жажды.
Федор Никитич Романов-Юрский, после смерти царя Федора, был одним из законных претендентов на Русский трон, так как являлся племянником Иоанна Грозного. Попав в опалу при Борисе Годунове, Федор Ромнов-Юрский был пострижен в монашество с именем Филарет. В Смутное время Лжедмитрий II захватил митрополита Филарета в плен, где он пробыл до 1619 года. Земский Собор 1613 года избрал на русское царство Михаила Романова, сына митрополита Филарета, утвердив за последним титул Патриарха. Патриарх Филарет (1619-1633) стал ближайшим советником и фактическим соправителем царя Михаила.
Своим преемником Патриарх Филарет назначил архиепископа Псковского и Великолукского Иоасафа (1634-1640). Патриарх Иоасаф произвел большую работу по исправлению богослужебных книг, за шесть лет его правления было выпущено 23 книги, из которых многие были напечатаны впервые. За его короткое правление было основано три монастыря и восстановлено пять прежних, закрывшихся ранее.
В своей деятельности Патриарх Иосиф (1642-1652) большое внимание уделял делу духовного просвещения. По его благословению в 1648 году в Москве было основано духовное училище при Андреевском монастыре – «Ртищевское братство». Именно благодаря Патриарху Иосифу удалось сделать первые шаги к воссоединению Украины (Малороссии) с Россией.
Патриарх Никон (1652-1666) отличался глубокой аскетичностью, духовностью, обширными знаниями и получил особое расположение царя Алексея Михайловича. При активном содействии Патриарха Никона в 1654 году состоялось историческое воссоединение Украины с Россией, затем и Белоруссии. Особо проявил себя Патриарх Никон как церковный реформатор: при нем было заменено двуперстное крестное знамение на троеперстное, исправлены богослужебные книги по греческим образцам.
Седьмым Патриархом Всея Руси был избран архимандрит Троице-Сергиевой Лавры Иоасаф (1667-1672). В своей деятельности Патриарх Иоасаф II стремился реализовать и утвердить реформы Патриарха Никона. Он продолжил начатое Патриархом Никоном исправление и издание богослужебных книг. При нем были просвещены народности на северо-восточных окраинах России; на Амуре, на границе с Китаем, был основан Спасский монастырь.
Правление Патриарха Питирима (1672-1673) длилось всего 10 месяцев. Был приближенным Патриарха Никона, и после его низложения, Питирим был одним из претендентов на Патриарший престол. Однако его избрали только после смерти Патриарха Иоасафа II. Известно, что Патриарх Питирим в 1672 году крестил в Чудовом монастыре будущего императора Российского Петра I. В 1673 году по благословению Патриарха Питирима был основан Тверской Осташковский женский монастырь.
Правление Патриарха Иоакима (1674-1690) пришлось на трудные для государства и Церкви годы. Усилия Патриарха Иоакима были направлены на борьбу против иностранного влияния на русское общество. Проявил себя Патрирах Иоаким и в области государственного управления: он выступил посредником между противоборствующими сторонами во время возникшей смуты в вопросе о престолонаследии в 1682 году и принял меры для прекращения стрелецкого восстания.
Патриарх Адриан (1690-1700) был 10-м, последним в досинодальный период, Патриархом Московским и Всея Руси. Деятельность Патриарха Адриана связана в основном с соблюдением церковных канонов и охране Церкви от ереси. Расположенный к старине и неохотно отзывавшийся на реформы Петра I, Патриарх Адриан все же поддерживал важные начинания царя – строительство флота, военные и социально-экономические преобразования.
После 200-летнего Синодального периода (1721-1917) Всероссийский Поместный Собор Русской Православной Церкви восстановил Патриаршество. На Патриарший престол был избран митрополит Московский и Коломенский Тихон (1917-1925). Новому Патриарху пришлось решать вопрос об отношениях с новым государственным строем, враждебно относящимся к Церкви в условиях революции, гражданской войны и всеобщей разрухи.
В 1925 году Заместителем Патриаршего Местоблюстителя стал митрополит Сергий Нижегородский. Во время Великой Отечественной войны митрополитом Сергием был организован Фонд обороны, благодаря которому была построена танковая колонна имени Дмитрия Донского, также собирались средства на сооружение самолетов, на содержание раненых, детей-сирот. В 1943 году митрополит Сергий единогласно был избран Патриархом Московским и Всея Руси(1943-1944).
Патриарх Алексий I (1945-1970) был избран на Патриарший престол в феврале 1945 года. Его Предстоятельство совпало с окончанием Великой Отечественной войны и последующая деятельность была связана с восстановлением разрушенных войной храмов, восстановлением связей с Православными братскими Церквами, было положено начало контактам с Римско-Католической Церковью. Установились активные связи с древними нехалкидонскими Церквами Востока, а также с протестантским миром.
В своем Первосвятительском служении Патриарх Пимен (1971-1990) был продолжателем церковного делания Патриархов Тихона, Сергия, Алексия I. Одной из важнейших сторон деятельности Патриарха Пимена было укрепление отношений между Православными Церквами разных стран, развитие межправославных отношений. В июне 1988 года Патриарх Пимен возглавил торжества, посвященные Тысячелетию Крещения Руси, и Поместный Собор Русской Православной Церкви.
С предстоятельством Алексия II (1990-2008) связано время возрождения и духовного расцвета Русской Православной Церкви: открылись тысячи храмов и монастырей, в том числе Храм Христа Спасителя; началась активная подготовка кадров священнослужителей, открылись новые учебные заведения. 17 мая 2007 года произошло эпохальное событие в истории Русской Церкви - был подписан Акт о каноническом общении между Русской Православной Церковью московского патриархата и Русской Православной Церковью Загарницей
27 января 2009 года на Поместном Соборе Русской Православной церкви избран 16-ый патриарх Московский и Всея Руси. Им стал митрополит Кирилл.
