В 1566-1568 гг. на митрополичьем дворе в Кремле была построена церковь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев. Она имела придел апостола Филиппа и, как считают, была построена московским митрополитом Филиппом, прежде Соловецким игуменом.

Распятие, венчающее иконостас церкви Двенадцати апостолов

Икона "Рождество Богоматери"

В 1652 г. на Патриарший престол взошел Новгородский митрополит Никон. Царь Алексей Михайлович подарил Патриарху Никону Царе-Борисов двор, который к тому времени семь лет стоял пустым. Территория Патриаршего двора увеличилась, и взамен храма Соловецких чудотворцев был построен храм апостола Филиппа.

Икона на холсте "Поклонение кресту"

Место разобранной церкви заняли паперть нового храма и вновь образованные сени, ведущие в каменные кельи Патриарха Никона, пристроенные с севера. В подклете Филипповской церкви был устроен проезд на Патриа рший двор.

Икона "Федор Стратилат"

Храм апостола Филиппа был построен к северу от Успенского собора Кремля в 1635-1656 гг. русскими мастерами Антипом Константиновым и Баженом Огурцовым. С восточной стороны примыкает к палатам Патриаршего (в XVIII-XX вв. — Синодального) двора.

Напрестольная сень в церкви Двенадцати апостолов

Роспись нижнего яруса шатра напрестольной сени церкви Двенадцати апостолов

В 1681 г. храм был переосвящен в честь Двенадцати апостолов, а на третьем этаже Патриаршего дома при кельях Патриарха устроен домовый храм апостола Филиппа.

Федор Никитин Рожнов. Распятие с апостольскими страстями. В 1699 году. Церковь 12 апостолов, Кремль

Храм Двенадцати апостолов представляет собой четырехстолпное крестовокупольное здание на подклете, построенное по образцам Владимиро-Суздальских храмов. В оформление барабанов стройного пятиглавия введена колончатая аркатура. Этот же мотив присутствует на фасадах, где два яруса аркатурно-колончатого пояса объединяют здание храма с примыкающими к нему палатами и служат обрамлениями оконных проемов. На северном фасаде устроено высокое двухъярусное крыльцо, общее для церкви и палат, в декорировании которого применены изразцы. Сохранились фрагменты настенных росписей конца XVII в.

С северной стороны галереей храм соединен с Патриаршими палатами в Патриаршем дворе. В Крестовой палате Патриаршего двора со второй половины XVIII в. находилась мироварня. Зал Крестовой палаты перекрыт единым сводом без промежуточных опор, что в то время было выдающимся техническим новшеством.

С 1721 г. храм был в ведении Синодальной конторы и много раз перестраивался. В 1722 г. архитектор И.П. Зарудный под главами собора устроил ризницу и установил новый иконостас.
В 1917 г. собор и храм апостола Филиппа сильно пострадали во время артиллерийского обстрела Кремля. В 1918 г. храм был закрыт.

От большого комплекса Патриаршего двора до нашего времени уцелели церковь Двенадцати апостолов, корпус жилых палат с церковью апостола Филиппа и Мироваренная палата. Смежная с нею столовая палата сильно перестроена. Патриаршая ризница была частично разорена. Находящийся в храме резной деревянный иконостас конца XVII в. в 1929 г. был перенесен из разрушенного собора Вознесенского монастыря.

Церковь Двенадцати апостолов была личным, домовым храмом русских патриархов. Древний иконостас церкви не сохранился. Ныне существующий иконостас перенесен в храм в 1929 году из Вознесенского собора Московского Кремля. Он датируется концом XVII - началом XVIII столетия.

В помещении церкви располагается экспозиция икон XVII века, большая часть которых вышла из мастерских Кремля или украшала кремлевские соборы. Экспозиция дает возможность проследить за развитием иконописи XVII века, которое делится на два этапа.
Первый этап (1600-1650-е годы) представлен иконами, воплотившими стремление оживить угасающий дух прежнего великого искусства путем следования древнему художественному канону (линия развития искусства "грозненской школы") и повышенной его эстетизацией (линия искусства "строгановской школы").

Второй этап (с 60-х годов до конца столетия) представлен иконами, воплотившими стремление постепенно отойти от традиционного стиля древнерусской живописи в сторону реалистического искусства. В экспозиции представлены иконы прославленных царских изографов конца XVII века: икона "Федор Стратилат" Симона Ушакова, икона "Андрей Первозванный" Федора Зубова, икона "Распятие с апостольскими страстями" Федора Рожнова и другие.

Сейчас храм входит в состав Музеев Московского Кремля. Второй этаж Патриаршего дома, включая собор, Трапезную, Крестовую и др. палаты заняла экспозиция кремлевского Музея прикладного искусства и быта России XVII в.

В начале 1990-х гг. храм был передан Русской Православной Церкви.
Богослужения в храме совершаются раз в год на престольный праздник. Доступ в храм по приглашениям. В остальное время храм действует как музей.
Престолы: Собора Двунадесяти апостолов (главный); апостола Филиппа (придельный).